A Szűrésirányítási Főosztály két osztályból épül fel:

• Szűrőprogram Irányítási Osztály
• Népegészségügyi Célú Szűrési Koordinációs Osztály

A Szűrésirányítási Főosztály általános feladatai körében szervezi, összehangolja a  népegészségügyi célú, célzott szűrővizsgálatokat, javaslatot tesz a  fejlesztésre irányuló változtatásokra, és közreműködik azok egységes irányelvek szerint történő megvalósításában; Továbbá elkészíti és folyamatosan fejleszti az NNK szűrési stratégiáját, mely kapcsán szakmai irányelveket, útmutatókat készít, készíttet, illetve kezdeményezi azok kidolgozását és közreműködik azok véleményezésében, közvetítésében, megvalósításában.