A beavatkozás időtartama változó. A vastagbélben való felfelé haladás a végbéltől a vastagbél és vékonybél találkozási pontjáig tart, majd a kolonoszkóp kivezetése a vastagbélből együttesen kb. 20-30 percet vesz igénybe. Abban az esetben, ha a vizsgáló orvos talál valamilyen elváltozást a vizsgált bélszakaszban és abból szövettani mintát vesz, vagy esetleg polipot is eltávolít, a beavatkozás ideje hosszabbodik. 60 percnél azonban ritkán nyúlik hosszabbra a vastagbéltükrözés.