A Virológiai Osztály az ország legnagyobb, kifejezetten virológiai diagnosztikával foglalkozó laboratóriuma, mely a Nemzeti Akkreditáló Hatóság által akkreditált módon (MSZ EN ISO 15189:2013 és MSZ EN ISO/IEC 17025:2005 szabványok alapján) végzi a vizsgálatokat.

• Az Virológiai Laboratóriumi Osztályon három WHO Referencia laboratórium (WHO Nemzeti Poliovírus Referencia Laboratórium, WHO Kanyaró és Rubeola Nemzeti Referencia Laboratórium, WHO Nemzeti Influenza Központja) és hét Nemzeti Referencia laboratórium (Influenza és légúti vírusok, Hepatitis vírusok, Enterovírus, Kiütéses vírusbetegségek, Virális zoonózisok, Humán herpeszvírusok és Humán Immundeficiencia vírus Nemzeti Referencia Laboratórium) működik. A referencia laboratóriumokban számos olyan vizsgálatot végeznek, ami egyedülálló az országban.
• A Virológiai Laboratóriumi Osztály végzi „csúcs” laboratóriumként a többi laboratóriumban nem végzett mikrobiológiai vizsgálatokat; továbbá Budapest Főváros, Jász-Nagykun-Szolnok, Nógrád és Pest megye lakossága számára járványügyi-mikrobiológiai vizsgálatokat.
• Az osztály kiemelt tevékenységei közé tartozik:
  • az újonnan felbukkanó vírusok diagnosztikája,
  • a védőoltásokkal megelőzhető virális megbetegedések vizsgálata,
  • az idegrendszeri vírus fertőzések differenciáldiagnosztikája,
  • a kiütéses vírusbetegségek differenciáldiagnosztikája, amely a WHO által meghatározott ajánlások és a fertőző megbetegedések előfordulásának hazai sajátosságait figyelembe véve történik (pl.: rubeola, morbilli, human parvovírus B19, enterovírusok, nyugat-nílusi, chikungunya, dengue és zika vírusok),
  • influenza surveillance és légúti kóroki monitor
  • a légúti vírusfertőzések differenciáldiagnosztikája
  • hepatitiszt okozó vírusok differenciáldiagnosztikája és a hepatitisz járványok molekuláris kivizsgálása
  • herpeszvírusok szerológiai és molekuláris diagnosztikája
  • anonim és nevesített HIV szűrővizsgálatok, HIV reaktív minták verifikáló vizsgálata
  • HIV vírusszám meghatározás és a HIV gyógyszer rezisztencia vizsgálatok
• Az osztály 2012 óta akkreditált szakképzőhely: infektológiai és orvosi mikrobiológiai (törzs- és speciális képzés) illetve a megelőző orvostan és népegészségtan (speciális képzés) valamint klinikai mikrobiológia szakvizsga felkészítésre akkreditált.