A Mikrobiológiai Referencia Laboratóriumi Főosztály munkatársai - a járványügyi virológia, bakteriológia, mikológia, parazitológia és tipizálás területén a 18/1998. NM rendelet alapján a hazai laboratóriumok között a legmagasabb szintű módszertani felkészültséggel végzik a fertőző megbetegedések diagnosztikai, klinikai és járványügyi mikrobiológiai laboratóriumi vizsgálatait a betegbiztonság és a járványügyi biztonság fenntartása érdekében. Számos hazai és nemzetközi szakmai programban, szakértői csoportban (ECDC, WHO) és pályázatban vesznek részt. A főosztályon a NAH által akkreditált laboratóriumok működnek, ebből 19 Nemzeti Referencia Laboratórium és 3 WHO Referencia Laboratórium. Feladatuk a speciális diagnosztikai eljárások kivitelezése, szakmai módszertani fejlesztés és tanácsadás. A Főosztály gondoskodik a szükséges táptalajok és diagnosztikumok előállításáról, és a vizsgálatokhoz szükséges állatok beszerzéséről, tartásáról. Működteti a vizsgálati minták átvételi-, és vérvételi helyeit. A Nemzeti Biztonsági Laboratórium Közép-Európa egyetlen, népegészségügyi célból létrehozott legmagasabb biológiai biztonsági szintű (ún. BSL-4) laboratóriuma. A veszélyes kórokozók diagnosztikája az alap vizsgálatoktól a legmodernebb módszerekig terjed, teljeskörű differenciál diagnosztikai kapacitást nyújt.. A Főosztály referencia laboratóriumai illetve a Nemzeti Biztonsági Laboratórium a 246/2015 (IX.8) Kormány rendelet alapján kijelölt egészségügyi létfontosságú rendszerelem. A főosztály munkatársai posztgraduális továbbképzés keretében elméleti és gyakorlati képzést tartanak.