Mikroszkóppal azonosítható meghatározott szervezetek (algák és cianobaktériumok, házas amőbák, egyéb véglények, gombák, férgek) vizsgálata. A szabadon élő szervezetek többsége nem patogén, az emberi egészséget nem veszélyeztetik, ámbár a kórokozó vírusok, baktériumok és protozoák terjesztésében, fertőtlenítőszerrel szembeni védelmében, ezáltal a vízhálózatban tartásukban és terjesztésükben nagymértékben szerepet játszanak. Az ivóvízben vizsgálandó szervezetek vízhigiénés indikátorok, de a protozoák (véglények) és a férgek között lehetnek kórokozók is. A szennyezés eredete a nyersvíz (kút/vízbázis elszennyeződése), a technológia (biológiai ammóniummentesítés, homokszűrők különösen, ha levegőztetés, gáztalanítási lépés is van), hálózat (csőtörés, műszaki problémák, biofilm) is lehet. A mikroszkópos biológiai szennyezés esetén mindenképpen törekedni kell a kifogásoltsághoz vezető okok felderítésére és a probléma forrásánál történő kezelésére.

A település vízminősége Mikroszkópos biológiai paraméterek tekintetében „kifogásolt” minőségű, ha a vízellátó rendszerben vett vízminták legalább 30%-ában valamely Mikroszkópos biológiai paraméter meghaladja a parametrikus értéket.